Nos jogos Gold/Silver ao resolver os problemas(puzzles), liberam-se os 26 Unowns, porém, na versão Crystal, adiciona-se salas secretas com alguns prêmios.
1º puzzle
Está na sala perto da entrada, entre e resolva o puzzle do Kabuto. Após resolvê-lo, na sala especial, ganhe um HealPowder, um EnergyPowder, uma Berry e PsnCureBerry.
2° puzzle
É necessário ter o HM Surf. Vá ao sul da entrada das ruínas para resolver o puzzle do Aerodactyl. Use o HM Flash em frente aos sinais para entrar em uma sala especial. Os prêmios serão um Gold Berry, uma Moonstone, um EnergyRoot e um HealPowder.
3ª puzzle
Para chegar é necessário passar pela Union Cave, no meio da caverna entre em uma escada e surfe para o norte, após derrotar um Psychic, resolva o puzzle do Ho-oh. Saia da sala e entre novamente com o Ho-Oh como líder do seu time e a sala especial se abrirá. Os prêmios serão, um RevivalHerb, um Charcoal, um MysteryBerry e um GoldBerry.
4º puzzle
Nesse caso, são necessários os HM Surf e Strength. Na mesma Union Cave, ao invés de ir pelo norte, vá pelo oeste e use Strength para chegar ao lugar desejado e resolver o puzzle do Omanyte. Após resolvido, saia da sala e entre novamente com uma Water Stone em sua mochila a fim de se obter acesso à sala especial. Os prêmios serão uma Mystic Water, um Mystery Berry, uma Star Piece e um Stardust.
